Base64は符号化
Base64は、3バイトを4文字で表す方式で、サイズは約33%増えます。元に戻せるので、秘密を守る仕組みではありません。btoaは日本語を直接扱えないため、TextEncoderを通してから変換します。
ハッシュは一方向
SHA-256などのハッシュは、元のデータに戻せません。ブラウザではcrypto.subtle.digest('SHA-256',データ)で計算できます。
用途で使い分ける
パスワードの保存には、bcryptやArgon2のような計算の遅い専用の方式を使います。MD5やSHA-1は衝突が見つかっているため、署名などには使いません。